grainは、「一粒、少々」という意味があり、
直訳すると「少量の塩と一緒にとる」となる。
これは、西欧では塩は魔除けや解毒の効果があると考えられていて、
何かに用心して塩を持っている様子から、「懐疑的」 という意味が生まれ、
Take with a grain of saltで、「加減して・（割引して）聞く」となります。
例・ I’ll take it with a grain of salt.
話半分で聞いておくよ。
補足
grainの代わりにpínch（ひとつまみ）が使われることもあります。
saltには、魔除けや解毒のようなポジティブな意味があることから、
SHE IS THE SALT OF THE EARTH. 彼女は善良な人だ。
等としても使われます。