It is the house that Michael lives in. これはマイケルの住んでいる家です。
これを「前置詞 + 関係代名詞」の形に変えた場合、
It is the house in which Michael lives. と、関係代名詞をwhichに変えなければいけません。
It is the house in that Michael lives. にはできません。
これは、関係代名詞のthatは、強く限定する意味があり、
inやof等の前置詞が直前にあると、その意味合いが薄れてしまい、
thatの本来の役割を奪ってしまうためです。